Die im Jahr 2025 sehr früh aufgetretenen Hitzewellen haben eine starke Erwärmung der oberen Seebereiche bewirkt. Bei einigen Seen wurden Spitzenwerte bis zu knapp 30°C an der Oberfläche erreicht. Solche extremen Temperaturen können die Prozesse im Ökosystem massiv negativ beeinflussen. In tieferen, geschichteten Seen ist nur durch eine Abkühlung des gesamten Seewasserkörpers im Herbst und Winter auf eine einheitliche Temperatur von etwa 4°C ein Stoffaustausch zwischen Wasseroberfläche und Tiefenwasser möglich. Dieser Austausch gewährleistet die Sauerstoffversorgung des Tiefenwassers und die Verfügbarkeit von Nährstoffen in höheren Wasserschichten und somit ein funktionierendes gesundes Ökosystem. Je stärker sich ein See im Sommer aufheizt, desto unwahrscheinlicher wird diese notwendige Abkühlung. Durch die Regenfälle im Verlauf des Sommers und die gleichzeitig kühleren Temperaturen haben sich die hohen Werte aber bald normalisiert.
Abbildung 1: Verlauf der Temperatur des Oberflächenwassers in 0,5 m Tiefe im Ammersee.
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Die Wasserstände der natürlichen Seen waren zu Jahresbeginn niedrig bis sehr niedrig. Die Uferbereiche der von Niedrigwasser betroffenen Seen, waren in größeren Teilen trockengefallen. Die dort siedelnden auf Wasser angewiesenen Organismen sind in größere Tiefen ausgewichen oder abgestorben, wie z.B. die Pflanzen, Algen und wenig mobilen Muscheln der Flachwasserzone. Röhrichtbestände waren vielerorts von der Wasserfläche abgeschnitten und standen als Rückzugsraum, Schutzzone vor Fraßfeinden und Laichhabitat für Fische und Insekten nicht mehr zur Verfügung. Dadurch eventuell entstandener Ausfall von Nachwuchsgenerationen in 2025 kann sich auch auf Folgejahre auswirken. Im Verlauf des Sommers konnten sich die Wasserstände weitgehend normalisieren. Erst im Herbst sind die Wasserstände einiger natürlicher Seen wieder stark zurückgegangen, bis zu teilweise niedrigen bzw. sehr niedrigen Wasserständen. Das normalerweise in der Uferzone für die dort lebenden Organismen auch als Kälteschutz dienende Wasser fehlt.
Außerhalb des wasserwirtschaftlichen Routine-Monitorings berichteten verschiedene Wasserwirtschaftsämter und externe Wissenschaftler von sich ausbreitenden Neobiota. In verschiedenen Seen wurde die invasive Quagga-Muschel, die vor allem die Ökosysteme großer und tiefer Seen grundlegend und nachhaltig verändert, erstmalig nachgewiesen. Eine Zunahme der am Gewässergrund wachsenden Blaualge Tychonema, die in der Lage ist, Toxine (Giftstoffe) zu bilden wurde beobachtet. Im Kleinen Brombachsee ist Cylindrospermopsis raciborskii aufgetreten (neu: Raphidiopsis raciborskii), eine neobiotische und ebenfalls toxinbildende Blaualge. Badeverbote waren die Folge.
Eine heimische Blaualge, Aphanizomenon flos-aquae, führte zu Badewarnungen und Badeverboten für unterschiedliche Strände des Altmühlsees.