Die Kleine Hufeisennase ist in Europa von Irland über West- und Mitteleuropa, das Mittelmeergebiet bis Russland und Vorderasien zu finden.

In Deutschland hat sich das Verbreitungsgebiet seit etwa Mitte des 20. Jahrhunderts gravierend verkleinert. Heute sind nur noch ca. 10 % des ursprünglichen Areals besiedelt, nämlich Teile Mitteldeutschlands in Sachsen, Thüringen und Sachsen-Anhalt sowie in Bayern.

In Bayern kommt die Kleine Hufeisennase vor allem noch im südlichen Alpenvorland und in den oberbayerischen Alpen vor, wo sie sich in zehn bekannten Wochenstuben auch fortpflanzt. In Nordbayern werden in der nördlichen Frankenalb pro Winter zwischen zwei und fünf Individuen gefunden, die eine winzige Restpopulation darstellen. Intensive Nachsuchen und Schutzbemühungen in den letzten Jahren ergaben einen Sommerbestand von wenigstens 30 Tieren mit drei bis vier Reproduktionszellen, d. h. Sommerquartieren mit einzelnen Weibchen und Jungtieren, aber keine eindeutigen Kolonien. Diese Vorkommen befinden sich in den Landkreisen Bayreuth (Hauptvorkommen), Kulmbach und Forchheim. Ein ähnliches Vorkommen wurde 2017 im Frankenwald im nördlichen Landkreis Kronach entdeckt, das wohl mit der Thüringer Population in Verbindung steht. Einzeltiere wurden auch in den Alpen im Allgäu bekannt. Der Gesamtbestand umfasst in Bayern wieder über 1.000 erwachsene Tiere, die Entwicklung ist positiv.

Kleine Hufeisennasen bevorzugen zur Jagd Laub- und Mischwälder sowie abwechslungsreiche Landschaften mit Hecken, Weiden und Streuobstbereichen. Gute Bedingungen findet die Art in wärmebegünstigten Regionen, in denen gleichzeitig die Entfernungen zwischen Sommer- und Winterquartieren nicht weit sind.

Die Tiere benötigen im Sommer ruhige, warme und mit großen Einflugöffnungen versehene Dachböden, einzelne Männchen können sich in Mitteleuropa im Sommer auch in unterirdischen Quartieren aufhalten. Die Quartiere sollten von vielfältig strukturierten, kleinräumigen Landschaften mit extensiv genutzten Kulturflächen sowie Wald umgeben sein. In den Wochenstuben findet sich auch ein gewisser Teil der Männchen wieder (bis 30 %). Die Jungen kommen von Mitte Juni bis Mitte Juli zur Welt und können bereits mit vier bis sechs Wochen selbstständig Nahrung suchen. Etwa im August lösen sich die Wochenstuben allmählich wieder auf.

Als Winterquartier nutzen die Tiere über fünf Grad warme, unterirdische Quartiere wie Höhlen und Stollen oder geräumige Keller.

Nahrung, insbesondere kleinere Fluginsekten wie Schmetterlinge und Zweiflügler (u .a. Mücken), fängt die Kleine Hufeisennase überwiegend in Laub- und Mischwäldern. Dabei überfliegt sie kleinere Freiflächen in einer Flughöhe von unter einem Meter mit einer relativ geringen Geschwindigkeit, aber äußerst wendig und verzehrt ihre Beute direkt im Flug. Dennoch wurden auch Tiere beobachtet, die in Baumkronen auf Beutezug gehen, wenn sich kleinere Lücken im Wald befinden.

In der Regel ist die Kleine Hufeisennase ihrem Winterquartier und der Wochenstube äußerst treu. Sie ist auf einen Quartierverbund angewiesen, d. h. die Kolonien nutzen mehrere Quartiere in räumlicher Nähe zueinander im gleichen oder in verschiedenen Gebäuden in unterschiedlichen Phasen der Jungenaufzucht oder wechseln bei Störungen. Zu diesem Quartierverbund gehören auch unterirdische Quartiere, die häufig nach dem Ausflug aus der Wochenstube als erstes aufgesucht werden.

Im Sommerquartier verzichtet diese Fledermausart im Gegensatz zu anderen Arten, die ebenfalls Gebäude bewohnen, meist auf Körperkontakt.

Kleine Hufeisennasen werden im Durchschnitt nur etwa sieben Jahre alt. Bei Einzeltieren konnte aufgrund von Ringmarkierungen aber auch schon Alter von 17 bzw. 21 Jahren nachgewiesen werden.

• Beeinträchtigung der Jagdhabitate durch schleichenden, aber großflächigen Landschafts- und Nutzungswandel (Verlust an Kleinstrukturen, Leitlinien etc.)
• Beeinträchtigungen/Zerstörung von Wochenstubenquartieren an Gebäuden durch unsachgemäße Sanierungsmaßnahmen oder Vertreibung
• Gifte im Jagdgebiet (Insektizide) und in den Gebäudequartieren (Holzschutzmittel)
• Sonstige Störungen, wie Störungen im Winterquartier, z. B. durch Nutzung von Höhlen, Ruinen und Gewölben für touristische Zwecke
• Zerschneidung von Jagdgebieten oder Leitlinien durch neue Verkehrstrassen

• Öffnung/Optimierung alternativer Wochenstubenquartiere zur Bereitstellung eines Quartierverbundes
• Anlage neuer (unzerschnittener) linearer Strukturen zwischen Wochenstube und Nahrungshabitaten
• Minimierung von Störungen an bekannten Winter- und Schwarmquartieren (Vergitterung, Besucherlenkung, Informationstafeln)
• Erhaltung/Förderung strukturreicher, lichter, alter Laub- und Mischwälder sowie gehölz- und grünlandreicher Kulturlandschaften um die Wochenstuben

Meschede, A. & B.-U. Rudolph (Bearb.) (2004): Fledermäuse in Bayern. - Ulmer, Stuttgart.

Meschede, A. & B.-U. Rudolph (2010): 1985 - 2009: 25 Jahre Fledermausmonitoring in Bayern. - Schriftenr. des Bayerischen Landesamtes für Umwelt, Augsburg.

https://www.thueringen.de/imperia/md/content/tlug/abt3/artensteckbriefe/fledermaeuse/artensteckbrief_rhinolophus_hipposides_030309.pdf

https://www.lfu.bayern.de/natur/artenhilfsprogramme_zoologie/fledermaeuse/index.htm