Das vergangene, sehr niederschlagsreiche, Jahr führte zu lang anhaltend hohen Wasserständen in den Seen. Röhrichte und Flachwasserlebensräume, die in den vergangenen Jahren durch teils extrem niedrige Wasserstände gefährdet waren, erlebten eine Entspannung und trocken gefallene Bereiche wurden wieder überstaut.
Große Niederschlagsmengen wie im Jahr 2024 führen zu Erosion und stärkeren Abschwemmungen aus der Umgebung. Aus besiedelten Gebieten und landwirtschaftlichen Flächen werden so verstärkt organische und anorganische Stoffe in die Seen eingetragen und beeinflussen unmittelbar die Uferbereiche und Flachwasserzonen der Seen. Die Lebensbedingungen in diesen Bereichen können sich dadurch verändern. Arten, die auf nährstoffarmes Wasser oder kiesiges Sediment angewiesen sind, werden zurückgehen. Arten, die eine nährstoffreichere Umgebung und feinmaterialreiches Sediment benötigen, werden sich ausbreiten. Ob solche Veränderungen dauerhaft sind und die Ökologie maßgeblich beeinflussen, hängt unter anderem vom Witterungsverlauf in den kommenden Jahren ab. Sowohl durch diesen Eintrag teils partikulärer, teils gelöster Stoffe, als auch durch den erhöhten Zustrom von Wasser aus den Zuflüssen, kann auch das Freiwasser beeinflusst werden.
Die chemischen Untersuchungen im Freiwasser (Messung an der tiefsten Stelle) einzelner Seen > 50 ha zeigten in den Wochen nach dem Hochwasserereignis weder in den Nährstoffen noch in Schadstoffen überdurchschnittliche Werte. Zuweilen wurden sogar Verdünnungseffekte beobachtet. Kleinere Standgewässer reagieren dagegen oft deutlich empfindlicher auf Nährstoffüberfrachtung. So warnte beispielsweise die Fischereifachberatung Schwaben vor Fischsterben in kleineren Standgewässern in Folge von Algenblüten.
Massenentwicklungen von Planktonalgen werden auch in den größeren Seen immer wieder beobachtet, ein besonderes Augenmerk liegt dabei auf den sogenannten Blaualgen. Sie kommen in kleinen Mengen im Plankton von Seen auch im guten ökologischen Zustand vor. Hier werden extreme Vorkommen aufgeführt, die im Jahr 2024 an der tiefsten Stelle im See durch das WRRL-Monitoring in einer Mischprobe aus den oberen Wasserschichten (0 bis 20m oder 0 bis 1m über den Grund) erfasst wurden:
Es kam im Sommer 2024 zu Blaualgenblüten im Eixendorfer See (Microcystis aeruginosa und Woronichinia naegeliana im August, September) Drachensee (Cuspidothrix issatschenkoi kurzzeitig im September), Schliersee (Limnothrix unter anderem ab August bis einschließlich Dezember) in der Förmitztalsperre (Aphanizomenon flos-aquae, Microcystis wesenbergii unter anderem im Juli bis Oktober) und hatte bei letztgenannten See Badewarnungen durch das Gesundheitsamt zur Folge.
Vorkommen der rotgefärbten Blaualge Planktothrix rubescens traten in folgenden Seen auf und werden hier genannt, wenn sie die Zusammensetzung aller erfassten Planktonalgen dominierten (> 50%): Im Ammersee (ganzjährig), etwas größere Biovolumina im Pilsensee und im Knappensee (ab August bis einschließlich Dezember) und im Tachinger See (mit einer ausgeprägten Blüte im Oktober bis November). Diese Blaualge ist zumeist in einer tieferen Wasserschicht eingeschichtet, bevorzugt niedrige Wassertemperaturen und ist besonders in Klarwasserseen weit verbreitet.
Weiterhin fiel 2024 der Abtsdorfer See auf: Einerseits zeigte er im Hochsommer eine allgemein sehr starke Algenentwicklung. Andererseits begann in diesem Zeitraum die sauerstofffreie Zone bereits bei 3m Tiefe und damit sehr oberflächennah.