Die Wimperfledermaus bewohnt weite Teile Süd- und Mitteleuropas bis in die südlichen Niederlande und nach Südpolen, allerdings mit einer großflächigen Verbreitungslücke auf deutschem Staatsgebiet.

In Deutschland kommt die Art nur randlich in drei getrennten Regionen in Südbaden, der Südpfalz und in Bayern vor, die besonders wärmebegünstig sind.

In Bayern stellen der Südosten mit den Naturräumen Isar-Inn-Schotterplatten, Alpen und das Voralpine Hügel- und Moorland in Oberbayern den Verbreitungsschwerpunkt dar. Einige Einzelnachweise (1950, 2009 ff.) stammen aus der Südlichen, Mittleren und Nördlichen Frankenalb.

Der Bestand in Bayern wird auf 3.000 bis 4.000 Individuen geschätzt (etwa 1.500 Weibchen in aktuell 15 Kolonien). Er ist seit etwa 20 Jahren rückläufig.

Die Wochenstuben der Wimperfledermaus befinden sich in West- und Mitteleuropa fast ausschließlich in Dachstühlen von großen Gebäuden wie Kirchen und Schlössern oder Ställen und Heuschobern. Präferiert werden weiterhin helle, geräumige Dachböden.

Die Wimperfledermauskolonie hängt frei und sichtbar an Decken oder Balken und reagiert besonders empfindlich auf ungewohnte Geräusche und Störungen (Annäherung von Personen im Quartier).

In der Regel sind Wimperfledermäuse größtenteils quartier- und ortstreu, nutzen aber von Zeit zu Zeit andere nahe gelegene Quartiere bzw. wechseln zwischen eng benachbarten Kolonien. Die Wochenstuben werden meist ab der ersten Maiwoche bezogen, wobei die Geburt der Jungtiere ab Mitte Juni bis Anfang Juli stattfindet.

Einzeltiere (meist Männchen) haben ihre Quartiere in Baumhöhlen und in Gebäuden.

Wimperfledermäuse sind spezialisiert auf das Absammeln von Beuteinsekten von einem Untergrund. Dies können Blätter von Bäumen sein oder Decken und Wände von Viehställen. Dabei fliegen sie dicht an der Decke entlang und nehmen die ruhenden Fliegen auf. Ställe können wichtige Teiljagdhabitate darstellen, vor allem zur Wochenstubenzeit, da hier auf kleinem Raum viel Nahrung vorhanden ist. Die Hauptjagdgebiete befinden sich ansonsten in Misch- und Laubwäldern, Nadelwälder werden eher gemieden. Auf ihrem Weg in die Jagdgebiete meiden sie freies Gelände und orientieren sich an Leitlinien wie Hecken und anderen Gehölzen.

Winterquartiere sind in Bayern kaum bekannt. Aufgrund von schwärmenden Tieren im Spätsommer an Höhlen wird vermutet, dass die Tiere überwiegend in Höhlen in den Alpen überwintern. In der Pfalz befinden sich die Winterschlafplätze in Stollen weit entfernt vom Eingang.

• Beeinträchtigung der Jagdlebensräume durch schleichende Habitatveränderungen
• Strukturwandel in der Landwirtschaft durch Rückgang der Milchviehwirtschaft
• Beeinträchtigungen/Zerstörung der Wochenstubenquartiere an Gebäuden durch unsachgemäße Renovierungsmaßnahmen
• Mangel an geeigneten, ungestörten und zugänglichen Dachbodenquartieren
• Gifte im Jagdgebiet (Insektizide, Herbizide) und in den Quartieren (Holzschutzmittel)
• Zerschneidung von Jagdgebieten durch neue Verkehrstrassen
• Sonstige Störungen, z. B. Störungen im Winterquartier
• Reduktion von altem Laubholzbestand
• Unfälle durch Klebstreifen / Fliegenfänger bei der Jagd in Ställen

• Sicherung alter und strukturreicher Laub- und Mischwaldbestände als Jagdhabitate
• Sicherung / Erhöhung des Quartierangebots in Wäldern durch gezielte Förderung von Alt- und Totholz (Verbesserung der Lebensbedingungen von Spechten zur Gewährleistung von genügend Höhlen)
• Öffnung / Optimierung alternativer Wochenstubenquartiere im Sinne eines Quartierverbundes in der Nähe bestehender Wochenstuben
• Anlage neuer (unzerschnittener) linearer Strukturen zwischen Wochenstube und Nahrungshabitaten
• Minimierung von Störungen an Winter- und Schwarmquartieren (Vergitterung, Besucherlenkung, Informationstafeln)

Die Tiere der Kolonie in Dettendorf im Landkreis Rosenheim vermeiden den direkten Überflug der Autobahn A8, sondern nehmen einen Umweg zu einer Unterführung in Kauf, um zu ihren Jagdgebieten jenseits der Autobahn zu gelangen.

Meschede, A. & B.-U. Rudolph (Bearb.) (2004): Fledermäuse in Bayern. - Ulmer, Stuttgart.

Meschede, A. & B.-U. Rudolph (2010): 1985 - 2009: 25 Jahre Fledermausmonitoring in Bayern. - Schriftenr. des Bayerischen Landesamtes für Umwelt. Augsburg.

Steck, C. Brinkmann, R. & K. Echle (2015): Wimperfledermaus, Bechsteinfledermaus und Mopsfledermaus - Einblicke in die Lebensweise gefährdeter Arten in Baden-Württemberg. Hrsg. vom Regierungspräsidium Freiburg, Bern.

Wimperfledermaus, Arten des Anhang IV der FFH-Richtlinie, BfN

Fledermäuse an Gebäuden, LfU