Die Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie der Europäischen Union (FFH-Richtlinie) bildet zusammen mit der Vogelschutz-Richtlinie die Grundlage für das zusammenhängende ökologische Netz NATURA 2000 in der Europäischen Union. Wesentliche Bestandteile beider Richtlinien sind Anhänge, in denen zu schützende Arten und Lebensraumtypen sowie einzelne Verfahrensschritte benannt und geregelt werden.

Ausschlaggebend sind die FFH-Richtlinie 92/43/EWG vom 21. Mai 1992 und die Vogelschutz-Richtlinie 2009/147/EG vom 30. November 2009. Beide Richtlinien wurden zuletzt durch die Richtlinie 2013/17/EU vom 13. Mai 2013 anlässlich des Beitritts Kroatiens zur Europäischen Union angepasst.

NATURA 2000 setzt sich aus den FFH- und Vogelschutzgebieten zusammen. NATURA 2000 leistet den wesentlichen Beitrag für das Ziel, einen günstigen Erhaltungszustand der in den Anhängen beider Richtlinien genannten Tier- und Pflanzenarten sowie Lebensraumtypen zu bewahren oder wieder herzustellen. Für die FFH-Gebiete sind diesbezüglich die Anhänge I und II der FFH-Richtlinie relevant. Für die Vogelschutzgebiete sind die Vögel des Anhangs I und die im Artikel 4 Abs. 2 der Vogelschutz-Richtlinie genannten Arten ausschlaggebend.

Die Errichtung von NATURA 2000 erfordert die Meldung der ausgewählten FFH- und Vogelschutzgebiete an die Europäische Kommission. Die Auswahl der Gebiete trifft die Bayerische Staatsregierung unter Beteiligung der Betroffenen. Bayern ist dieser Meldung in mehreren Schritten nachgekommen. Für die FFH- und Vogelschutzgebiete zuletzt in 2004. 2008 wurde ein Vogelschutzgebiet nachgemeldet. Das zusammenhängende ökologische Netz NATURA 2000 ist in Bayern vollständig errichtet.

Ein weiterer Verfahrensschritt zur Umsetzung der FFH-Richtlinie und dem Schutz von NATURA 2000 ist die Ausweisung der FFH-Gebiete als "Besondere Erhaltungsgebiete" (Special Areas of Conservation/SAC) durch das Bundesland Bayern in 2016. Die bayerischen Vogelschutzgebiete wurden bereits 2006, ergänzt in 2008, als "Besondere Schutzgebiete" (Special Protection Areas/SPA) durch eine Verordnung geschützt. Mit der "Bayerische(n) Verordnung über die NATURA 2000-Gebiete (Bayerische NATURA 2000-Verordnung – BayNat2000V)" vom 19. Februar 2016 wurden die FFH- und Vogelschutzgebiete zusammen in einer Verordnung unter Schutz gestellt. Diese Verordnung ist am 01. April 2016 in Kraft getreten.Für jedes Gebiet von NATURA 2000 sind darüber hinaus die wichtigen Sachdaten zu den Arten und Lebensraumtypen im sogenannten Standarddatenbogen erfasst und der Europäischen Kommission mit den Abgrenzungen zur Verfügung gestellt worden.

NATURA 2000 in Bayern besteht aus 753 NATURA 2000-Gebieten mit einer Fläche von etwa 8.000km2. Diese teilen sich in drei Kategorien auf: reine FFH-Gebiete (669), reine Vogelschutzgebiete (79) und gemeinsame, flächenidentische FFH- und Vogelschutzgebiete (5). Die flächenidentischen FFH- und Vogelschutzgebiete werden zur Vereinfachung den FFH-Gebieten zugerechnet, so dass nach dieser Zählweise 674 FFH-Gebiete in Bayern bestehen. Die FFH-Gebiete nehmen eine Fläche von rund 6.500 km2 ein, die Vogelschutzgebiete rund 5.500 km2. Auch die reinen FFH- und Vogelschutzgebiete können sich teilweise überlagern. Das Natura 2000-Schutzgebietsnetz nimmt in Bayern rund 11 Prozent der Landesfläche ein.