Bei Seen sind vor allem die Strukturen der Ufer wesentlich für die an das Wasser gebundenen Tiere und Pflanzen. Die Morphologie der Seen ist gemäß EG-Wasserrahmenrichtlinie unterstützend zu den biologischen Qualitätskomponenten Makrozoobenthos und Makrophyten/Phytobenthos zu bewerten.
Die Bund/Länderarbeitsgemeinschaft Wasser (LAWA) hat hierfür ein "Übersichtsverfahren" erarbeiten lassen:
Ein kleiner Ausschnitt aus der Gewässerstrukturkarte| Gewässerstrukturklasse | Farbdarstellung | Grad der Veränderung |
|---|---|---|
| 1 | dunkelblau | unverändert bis sehr gering verändert |
| 2 | grün | mäßig verändert |
| 3 | gelb | stark verändert |
| 4 | orange | sehr stark verändert |
| 5 | rot | sehr stark bis vollständig verändert |
In einem Projekt des Bayerischen Landesamtes für Umwelt wird ab 2018 die Gewässerstruktur (Struktur der Uferzone) der insgesamt 31 natürlichen bayerischen Seen mit einer Fläche größer 50 ha erhoben und bewertet.

