Der Datenbestand der Biotopkartierung Bayern gibt die Ergebnisse einer systematischen, bayernweiten Erfassung und Beschreibung naturnaher Lebensräume (Biotope) in Bayern wieder. Sie liefert somit eine vergleichbare Übersicht über Lage, Verbreitung, Häufigkeit und Zustand der wertvollen und erhaltenswerten Biotope in Bayern. Die Biotopkartierung Bayern gliedert sich in vier Bereiche: die "Biotopkartierung (Flachland)" außerhalb der Alpen und Städte, die "Biotopkartierung (Alpen)", die "Biotopkartierung (Stadt)" sowie die "Biotopkartierung (Militär)" innerhalb militärischer Liegenschaften. Der Beginn der Biotopkartierung Bayern im Erfassungsmaßstab von 1:5.000 war im 1984. Seit 1993 werden innerhalb von Wäldern keine Biotope mehr kartiert. Insgesamt wurden seit 1985 in Bayern außerhalb der Alpen etwa 4% der Landesfläche als Biotope kartiert. Die meisten der erfassten Biotope sind geschützt nach §30 des Bundesnaturschutzgesetzes (BNatSchG) bzw. Art. 23. des Bayerischen Naturschutzgesetzes (BayNatSchG).